L’Institut de Physique Fondamentale (IPF) regroupe six laboratoires. fédérateur de la physique fondamentale dans l’Université Bordeaux 1, il a été dirigé par Philippe Moretto (CENBG)  jusqu’à mai 2011 et il est depuis dirigé par Jean Oberlé (LOMA).

Le Laboratoire Ondes et Matière d’Aquitaine (LOMA) est une Unité Mixte de Recherche CNRS/Université Bordeaux1 (UMR 5798).
Au cœur de la physique fondamentale de l’Université de Bordeaux1, le LOMA est structuré en deux départements en interaction. Les thèmes en « Physique de la Matière Condensée » sont: 1) La physique des écoulements; 2) la Matière Molle Hors d’Equilibre; 3) les Matériaux et Nanostructures. En « Photonique et Matériaux » sont développés: 1) les sources lasers et THz, et l’optique singulière; 2) les propriétés optiques et dynamiques des matériaux et nanostructures; 3) des Approches Innovantes en Photonique incluant l’écriture laser, les transitions photo-induites, l’imagerie et la tomographie THz, l’imagerie thermo-élastique, et l’optofluidique.
Cette activité de recherche s’appuie sur deux plateformes : COLA, qui fournit des lignes de lumière accordable et ultracourte de l’UV au THz, et NSI, qui couple AFM et spectroscopie résolue en temps. Le LOMA participe au GIS Matériaux en Aquitaine, au pôle de compétitivité Route des Lasers, ainsi qu’à la nouvelle Fédération CNRS Matière Molle.

Le Centre d’études Nucléaires de Bordeaux Gradignan (CENBG) est une Unité Mixte de Recherche du CNRS/IN2P3 et de l’Université de Bordeaux 1. Le programme scientifique du CENBG couvre un vaste domaine allant des axes fondamentaux de la physique nucléaire et de la physique des particules aux interfaces avec d’autres disciplines et se développe autour de huit thèmes : • les noyaux exotiques loin de la vallée de stabilité • la physique du neutrino • l’astronomie des rayonnements gamma de grande énergie • les études théoriques de la matière nucléaire et hadronique • les filières novatrices de production d’énergie nucléaire • les excitations nucléaires induites par laser • les effets des expositions aux rayonnements ionisant, aux métaux et aux nanoparticules • l’interaction des radioéléments dans l’environnement, les traceurs cosmogéniques et anthropiques. Ce programme s’appuie sur trois plateformes: AIFIRA pour la caractérisation et l’irradiation par faisceaux d’ions et de neutrons, PRISNA pour les mesures de très basses radioactivités, PIAGARA pour la mesure de très faibles quantités de gaz rares par spectrométrie de masse.

Le Laboratoire d’Astrophysique de Bordeaux (LAB) est une unité mixte de recherche (UMR 5804) du CNRS/INSU et de l’Université Bordeaux 1. C’est une composante de l’Observatoire Aquitain des Sciences de l’Univers, située à Floirac. Les activités de recherche du LAB concernent les thèmes suivants : systèmes de référence et noyaux actifs de galaxies, cinématique des étoiles de la Galaxie, chimie du milieu interstellaire, formation des étoiles, disques circumstellaires et objets auto-gravitants, atmosphères et surfaces planétaires, étude de l’origine de la vie sur Terre et de sa recherche dans l’Univers. Le LAB s’insère dans les grands programmes sol/espace de la discipline comme le satellite européen Herschel (lancé le 14 mai 2009), l’interféromètre millimétrique ALMA (en cours de construction au Chili), et la mission d’astrométrie spatiale européenne Gaia (lancement prévu en 2013). Il est par ailleurs partie prenante dans le service géodésique et astrométrique international IVS qui mène des programmes d’observations réguliers par interférométrie radio à l’échelle intercontinentale (VLBI).

Le Centre Lasers Intenses et Applications (CELIA) est une unité mixte de recherche (UMR5107) en partenariat avec l’Université de Bordeaux I, le CEA, et le CNRS. CELIA rassemble des compétences dans des domaines qui se situent aux frontières de la physique et des applications de haute technologie. Les thématiques développées au laboratoire sont : lasers femtosecondes de haute cadence et haute intensité, études en optique des lasers intenses, champs ultra-intenses, collisions ioniques et sources de rayonnement X par plasmas, harmoniques XUV et applications à l’étude des processus ultra-brefs, impulsions attosecondes, interaction laser plasma, physique des plasmas chauds et denses, fusion par confinement inertiel, astrophysique en laboratoire. CELIA est fortement impliqué dans l’espace européen de la recherche en participant au réseau d’infrastructures de recherche LASERLAB-EUROPE du 6e PCRDT.

Le Centre de Recherche Paul-Pascal (CRPP) est une unité propre du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS, UPR 8641), rattaché à l’institut de Chimie (INC) et associé à l’Université de Bordeaux. Le laboratoire participe activement aux missions de formation et de recherche de cette université. Les activités de recherche du laboratoire relèvent principalement des sciences de la matière molle, s’étendant également aux matériaux, et avec quelques interfaces avec la biologie. Le CRPP a une reconnaissance forte dans l’élaboration et la caractérisation de systèmes complexes. C’est un laboratoire de physico-chimie dont les compétences s’étendent de la synthèse chimique à la physique, de l’expérience à la théorie. Le laboratoire s’appuie très fortement sur des collaborations extérieures, nationales et internationales, qu’elles soient académiques ou industrielles.

Le LP2N – Laboratoire Photonique, Numérique et Nanosciences – est une nouvelle unité mixte de recherche entre l’Institut d’Optique Graduate School (IOGS), l’Université Bordeaux 1 et le CNRS. Elle forme une des composantes de l’antenne bordelaise de l’IOGS. Le LP2N concentre sa recherche sur les systèmes complexes au sein desquels l’optique et l’informatique jouent un rôle essentiel. Ses activités sont centrées autour de la nanophotonique, de la biophotonique, des ondes de matière et du traitement de l’information.